以全基因組重定序研究基因漸滲對台灣特有小彎嘴畫眉(Pomatorhinus musicus)適應性分化的重要性

近十年來遺傳證據顯示，物種間因雜交而導致基因漸滲，是普遍存在的現象，而基因漸滲是否能作為物種適應性演化的基礎，變日漸成為演化生物學所亟鬱回答的問題。本計劃以目前已知在分化過程中曾存在基因流(gene flow) 的台灣特有鳥類小彎嘴畫眉(Pomatorhinus. musicus) 及其亞洲大陸姐妹群(棕頸鉤嘴鶥P. ruficollis) 為研究對象，以族群基因組(population genomics) 分析，偵測小彎嘴畫眉基因組中，可能因基因漸滲獲得的部位，探討物種適應的遺傳基礎，除了產生新的遺傳變異或利用既有的遺傳變異之外的另一個可能效果。本計畫先後兩次以三世代定序組裝小彎嘴畫眉參考基因組序列，並以Hi-C技術將第二次定序所得基因組組裝成染色體水平的參考基因組。而PCA及貝氏聚群分析結果支持，小彎嘴畫眉的確為一獨立演化支系；Treemix分析結果支持族群有從大陸華中、華東棕頸勾嘴鶥族群基因流向至台灣小彎嘴畫眉的基因流。我們用ABBA分析尋找小彎嘴畫眉基因組中基因漸滲而來的區域，其中包含14個基因可能與細胞分裂、有絲分裂、金屬結合、炎症反應等有關。目前台灣小彎嘴畫眉基因組中受正向選擇區域的分析尚未完成。